為了更好地開展科技計劃項目管理工作，以項目管理理論為基礎，利用現在計算機網絡資源，建立以全流程管理的科技計劃項目管理系統，實現對項目申報、評審、審批、查詢、監督、合同管理、績效管理、驗收等綜合管理的控制和信息資源的共享。通過業務系統為申報單位提供服務、為領導決策提供參考、為項目實施提供依據、為科技項目管理提供操作平臺、提高項目評審的透明度、提升工作效率、規范管理。
科技計劃項目管理主要要解決三個問題：科技項目的流程管理、信用管理和科技項目績效評估。
（1）科技項目流程管理主要目的是規范日常項目管理行為，實行數據共享，協同辦公，提高管理工作的透明度和辦事效率。按照項目生存周期理論分析主要分類三個階段：前期的申報立項、中期的項目監管和后期的驗收（評審）。整個科技項目管理的重點工作是實施好這三個過程。
（2）合同管理包括合同填報、主管部門合同審核、處室合同審查和合同復審、合同簽訂打印等一系列管理工作。
（3）科技項目績效評估是指科技項目完成以后所取得的經濟和社會效益進行綜合評估，建立綜合評估指標，分別對工業、農業和社會發展等項目進行績效評估，在大量項目數據積累的基礎上，進行綜合分析，為以后科技項目的支持方向提供決策支持。
